Agnès Leslie est née le deuxième jours de l'an de grâce 1541, de l'union de Laird Georges Leslie 4ème comte de Rothes et ambassadeur de l'Ecosse au Danemark et de son épouse Lady Margaret Crichton. Agnès est la benjamine d'une grande famille de deux frères et trois soeurs.

En 1546, ses frères sont accusé d'avoir pris part à l'assassinat du Cardinal Beaton, son père est également jugé mais contrairement à ses frères qui ont été déshérités il fut acquitté. Dès lors c'est l'un de ses demi-frère, Andrew Leslie qui héritera du titre et des biens de son père.

Le 19 août 1554, un contrat de mariage est signé entre elle et un certaine William Douglas Laird de Lochleven et comte de Morton, frère du bâtard James Stuart.

Le mariage est célébré le 26 novembre de la même année. Fervente catholique et adoratrice de la régente Marie de Guise, Agnès tente tout ce qu'elle peut pour faire comprendre à son mari immature (qui lui ne jure que par son frère aîné) que la vraie reine c'est Marie Stuart et pas son bâtard de frère. Ce mariage n'est pas des plus heureux, mais il n'est pas non plus malheureux. Mais ce n'est clairement pas le grand amour entre le laird et son épouse.